Parece provenir el topónimo Dueñas del latino “dominas” o dueñas, señoras, similar a monjas o mujeres cuelaustradas. Así, en el campo de Oveda, dentro de la segunda mitad del siglo VII residieron unos monjes de la Regla de San Martín de Braga, fundandose un monasterio de mujeres del que tomarán el nombre de Domnas, el castillo y el pueblo, y restaurado allá por el año 875 por Alfonso III.

Hoy aparecido en Dueñas restos cerámicos del Neolítico y vestigios de un posible asentamiento de la primera Edad del Hierro en Pico Castro. El mapa de Ptolomeo del II siglo d.C. denominaba a la zona como Elduna. Cerca, se descubrió la villa romana Possidica, dentro del cercado de San Isidro, con máxima actividad en el siglo III. El el yacimiento de la Huelga del Remolino, zona arqueologica desde 1993, parece existió un monasterio en la época anterior a la invasión árabe, pero luego se derribo y no fue reconstruido. En él aparecieron restos de cultura campaniforme, también del Bronce Antiguo y Bronce Final, a cultura de los Cogotas.

En épocas sucesivas residieron en estas tierras eldanenses, los pueblos celtíberos, romanos, visigodos y árabes, reconquistando a éstos la villa Alfonso III de León, para fundar San Isidro Don García, hijo del rey Don Alfonso. Pero de nuevo la villa seguía conquistada por los árabes y a su frente, Almanzor, hasta que la reclamó Alfonso VI.

Así, Dueñas fue pródiga en hechos históricos, destacando la estancia de los Reyes Católicos, naciendo en 1470 su hija Isabel, luego reina de Portugal.

Gran relación con la villa tomo Juan de Aenia contra quien se alzaron los campesinos. Catalina, hija de Maria Padilla, cedió el señorío de Dueñas a su familia montera, de la que procede el escudo de la villa.

El emperador Carlos V se retrasó en sus estancias de Palacio, palacio amplio y acogedor para sus ministros; era el verano de 1527 y en 1534, Dueñas acogía el Consejo de la Inquisición. Pero a partir del siglo XVIII Dueñas decae; los buenos de los Buendía parecen sucesivamente a la casa de Padilla y luego a los Duques de Medinacelli.

En los años iniciales del siglo XIX se instalan en Dueñas tanto José Bonaparte como sus tropas. Y desde 1829, la población debió soportar el alojamiento de los constructores del Canal de Castilla.

Así se conserva algún lienzo de su muralla y una puerta con arco apuntado y goza la villa de varias iglesias; la del Hospital, le ermita del Cristo, a quien pertenece un extraordinario Ecce Homo de Diego de Siloé, el convento de San Agustín, el gran monasterio de San Isidro cerca de Venta de Baños, y la iglesia parroquial de Santa María, magnifico edificio gótico del siglo XIII, con obras de arte de extraordinario valor, destacando un retablo neoclásico del siglo XVII; una magnífica escultura de San Isidro Labrador, atribuida a Gregorio Fernández, el sepulcro de Don Pedro de Acuña, el retablo Mayor, la Cruz parroquial de 1500, un cáliz copón de plata y un portapaz.